作者：追风

　　 CRISPR系统为代表的基因组编辑工具发展迅猛，被广泛应用于各种细胞、动物以及植物的定点编辑。新Cas同源物、Cas9抑制剂（Acr）的开发等成果层出不穷。此外，近年来，基于CRISPR-Cas9系统开发的单碱基编辑系统（Base editor，BE）更是如火如荼，新的先导编辑系统（Prime editor，PE）也正在兴起。

　　 工欲善其事，必先利其器。随着CRISPR领域的不断发展，各种生信工具也在不断完善，包括gRNA设计，脱靶预测， BE、PE的gRNA设计，基因编辑结果分析，CRISPR loci预测，Acr预测等等。因此，笔者盘点自己搜集的一些CRISPR相关工具网站，希望能对大家有所帮助。另外，为了方便大家使用，本文只列举直接能使用的工具网站。

　　一、gRNA设计网站：

　　设计gRNA无疑需求最大，用的最多，网站也非常多，大家根据自己需求找到合适的就行，差别不大。

　　Cas9、Cas12的gRNA设计网站

　　1. https://zlab.bio/guide-design-resources

　　2. Cas-Designer：

　　http://www.rgenome.net/cas-designer/

　　3. E-CRISP：

　　 http://www.e-crisp.org/E-CRISP/

　　4. CRISPOR：

　　 http://crispor.tefor.net/

　　5. CHOPCHOP：

　　 https://chopchop.cbu.uib.no/

　　6. GPP sgRNA Designer：

　　https://portals.broadinstitute.org/gpp/public/analysis-tools/sgrna-design

　　7. GUIDES：

　　 http://guides.sanjanalab.org/

　　8. sgRNA-PSM：

　　 http://bliulab.net/sgRNA-PSM/

　　9. CCTop：

　　 https://crispr.cos.uni-heidelberg.de/

　　10. WU-CRISPR：

　　 http://crispr.wustl.edu./

　　11.CRISPR-DT：http://bioinfolab.miamioh.edu/CRISPR-DT/interface/Cas9.php

　　12. http://www.deephf.com/index/#/predict

　　Cas13的gRNA设计网站

　　1. CRISPR-RT：

　　 http://bioinfolab.miamioh.edu/CRISPR-RT/

　　2. https://cas13design.nygenome.org/

　　二、脱靶位点预测网站：

　　Cas-OFFinder用的最广，且Cas种类较全。事实上大多数gRNA设计网站都自带脱靶位点预测，大家看着用吧。

　　1. Cas-OFFinder：

　　 http://www.rgenome.net/cas-offinder/

　　2. CRISPOR：

　　 http://crispor.tefor.net/

　　三、BE设计网站：

　　1. BE-Designer：

　　 http://www.rgenome.net/be-designer/

　　2. iSTOP：

　　 https://www.ciccialab-database.com/istop/#/

　　3. BEable-GPS：

　　 https://www.picb.ac.cn/rnomics/BEable-GPS/Home#

　　4. BE-FF：

　　 https://www.danioffenlab.com/be-ff

　　4. http://www.deephf.com/index/#/baseeditor

　　5. CRISPR-SKIP：

　　 http://song.igb.illinois.edu/crispr-skip/ 用BE设计外显子跳跃

　　四、PE设计网站：

　　1.pegFinder：http://pegfinder.sidichenlab.org/

　　五、基因编辑结果分析网站：

　　TIDE和EditR分别是基于桑格测序分析KO结果和BE结果的网站，用的非常广。

　　1. TIDE：https://tide.deskgen.com/

　　2. EditR：https://moriaritylab.shinyapps.io/editr_v10/

　　3. DSDecode：http://skl.scau.edu.cn/dsdecode/ 刘耀光院士开发用于解码重叠峰，挺不错

　　4. CRISPR-GA:

　　 http://crispr-ga.net/

　　5. CRISPResso2：

　　 http://crispresso2.pinellolab.org/

　　6. Cas-Analyzer：

　　 http://www.rgenome.net/cas-analyzer/#!

　　7. BE-Analyzer：

　　 http://www.rgenome.net/be-analyzer/

　　六、CRISPR loci预测网站：

　　 笔者习惯用CRISPRone和CRISPRCasFinder，一些菌属基因组的预测结果可能不完全对，最好两个网站进行比较，自己甄别。

　　1. CRISPRone：

　　https://omics.informatics.indiana.edu/CRISPRone/

　　2. CRISPRCasFinder：

　　https://crisprcas.i2bc.paris-saclay.fr/CrisprCasFinder/Index

　　3.CRISPRTarge

　　http://crispr.otago.ac.nz/CRISPRTarget/crispr_analysis.html3.

　　4.CRISPRDetect

　　 http://crispr.otago.ac.nz/CRISPRDetect/predict_crispr_array.html

　　七、Acr预测网站：

　　1. AcRanker：

　　 http://acranker.pythonanywhere.com/

　　2.AcrFinder：

　　 http://bcb.unl.edu/AcrFinder/

　　3.Acr Catalog：

　　 http://acrcatalog.pythonanywhere.com/catalog/

　　八、其他常用网站：

　　1. MEGA：

　　 https://www.megasoftware.net/

　　2.WebLogo：

　　 http://weblogo.berkeley.edu/logo.cgi

　　3. WebLogo3：

　　 http://weblogo.threeplusone.com/

　　4. Mfold：

　　http://unafold.rna.albany.edu/?q=mfold/download-mfold

　　5. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/cobalt/

　　6. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ipg/

　　温馨提示：目前有基因编辑讨论群，有兴趣的朋友加小编邀请加入！

　　版权作品，未经PaperRSS书面授权，严禁转载，违者将被追究法律责任。